喇家遗址概略的工作进展是,1999年作钻探和试掘。探明它是一处超过20万平方米的大型聚落,把原来分为3块的遗址,复原为一个以齐家文化为主的大遗址。试掘发现了宽大壕沟、玉器和碎屑以及房址里出土玉器的现象,掌握了遗址的埋藏和堆积情况,通过一些现象的分析,认为它可能是齐家文化的一处中心聚落。后来的发掘进一步证明了这些认识。
2000年首先在村东北台地发现了灾难遗迹。F3和F4发掘清理出大量人骨遗骸,轰动一时。仅F4内就发现有14具人骨遗骸。许多人骨姿势异常,有的相互扶助,有的大人护佑小孩,怀抱小孩而亡。随后还发现了F7的人骨遗骸和灾难遗迹。在F4北边再次发现一段壕沟;遗址里发现零星墓葬,在墓葬和房址都发现了玉器;在村子中探明,齐家文化房址有广泛分布;并且发现了大石磬。发掘现场上呈现出,灾难发生从而保留下了先民最真实的生活状态,普遍采集了人骨DNA样品,进行最新科技手段的分析鉴定。随之开始了多学科合作的探索,与环境学者一起考察探讨灾难原因,考古发掘和环境考古同步进行。最先发现并认识了黄河大洪水的遗迹及沉积物红土堆积,确认了洪水灾害。
2001年发现了F10的人骨遗骸,清理出房址坍塌和充填堆积的先后地层关系。新发掘村东南台地,发现小广场和奠基、杀祭现象;发现保存较高生土墙体的窑洞建筑,并初步判定出窑洞式聚落分布的格局;发现并且认识了房址里的壁炉形式,认定为烤炉;发现多处地震遗迹(地裂缝、地面起伏、褶皱、塌陷和砂管砂脉、喷砂等)现象,认识推定了地震灾害。在广场硬面下,又探掘到壕沟样态的堆积地层,说明遗址聚落结构有一个早晚的变化。大量地层关系还表明,喇家遗址的灾难,地震在先,洪水在后,一起导致了遗址的毁灭。
2002年继续在小广场范围扩大发掘,揭露更大面积的硬面,同时发现了特殊地面建筑,其中F20是12个柱洞的特殊房址,F21是9个柱洞的干栏式建筑;开始注意到广场北边的土台遗迹和祭祀性墓葬;又发现了广场硬面下的多个墓葬;出土大玉刀。同时,环境考古调查继续向纵深开展,在遗址周围地带发现大范围分布的地震遗迹现象,初步测算烈度和震级;地学考古作出喇家遗址和官亭盆地的地貌图。